pdb文件是什么，pdb文件是什么格式

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PDB文件的概念及作用

PDB文件是指蛋白质数据银行（Protein Data Bank）中所存储的蛋白质结构分子信息的数据文件，主要用于描述蛋白质结构分子的三维空间位置、构象、含水情况等信息，并且包含有配体（小分子）和药物分子的空间构形、结合模式和相关信息。

因为PDB文件所存储的是蛋白质分子的真实结构信息，所以它被广泛地应用在结构生物学领域和其他相关的生命科学领域中，如药物设计、生物工程、材料科学等。利用PDB文件，科学家们能够更好地了解蛋白质结构和功能之间的相互关系，并且能够设计更加具有针对性和高效性的药物与生物材料。

PDB文件的格式及内容

PDB文件是一种基于文本的格式，其定义了一套严格的规则和标准，包括：文件头信息、ATOM/HETATM记录（原子和非原子坐标信息）、TITLE记录（标题信息）、SEQRES记录（序列信息）、HELIX和SHEET记录（二级结构信息）、REMARK一般记录（一般注释信息）等多个部分构成。

其中ATOM/HETATM记录是PDB文件中最重要的部分，记录了蛋白质分子中所有原子的坐标位置和元素符号等信息。ATOM/HETATM记录由若干个字段组成，如：序列号、原子名称、残基名称、链ID、残基号、X/Y/Z坐标、原子温度因素等，其格式如下：

ATOM 1 N PRO A 4 7.091 4.442 6.567 1.00 0.00 N

其中，前6列为ATOM/HETATM、序列号、原子名称、残基名称、链ID和残基号。第12-16列记录了X/Y/Z坐标，第61-66列记录了温度因素。需要注意的是：由于历史原因和PDB文件一直处于更新状态，所以ATOM/HETATM记录中的一些字段内容和格式可能存在变化和差异，这需要用户在使用过程中予以关注和处理。

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